透明石英毛细管在做相关实验时具有很多优点，但因其容易损坏，所以使用透明石英管时有很多注意事项：
1 、透明石英管使用的过程中会因实验样品的不完全分解、催化剂失效、分析污染性(如含硅、含磷、含铁)样品时会产生腐蚀和污染透明石英管的情况，因此即使清洁处理可以延长透明石英管的寿命。透明石英管的清洗方式有多种：可以根据污染物的不同选择对应的有机溶剂 、酸液、去离子水清洗，若还有残留，可对透明石英管进行高温灼烧。
2、透明石英管在做样品分析时，可以在透明石英管内加装内衬管保护反应管，可以防止产生副作用，以此来防止透明石英管分析试样反应导致腐蚀和破裂 。在分析一些在使用温度下熔融的物质，量大时会粘附于石英管上 ，降温时两者的膨胀系数不同 ，致使石英管破裂。
3、透明石英管虽然可以在高温下长期使用，但是要注意在其加热和冷却时要有一定反应时间，因为管子与管内装填物质的的膨胀系数不同。仪器开启后，升温和降温的速率由程序控制，但关机为人工操作，-般应降至500°C左右再关气断电 ，使用温度下即断气断电会影响石英管的使用寿命 ，所以注意透明石英管高温下过快冷却会影响寿命 。
4、透明石英管因比较脆弱，在实验室注意勿碰撞导致其破损：装填氧化剂、还原剂 、清灰和取出失效的催化剂(结块的氧化铜可自制一手钻工具操作)时，要小心谨慎 ，不要碰撞到石英管 。装内封的管塞,密封圈上可涂一点高真空润滑脂(涂多碳空白会高) ，装入时使管塞与管口垂直对正，缓慢旋转插入 ，取出时也要这种操作方式，不然容易造成石英管崩口 。
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